每天，在家庭，学校，企业和工厂的污水会被冲入马桶和下水道，然后流入纽约城市的下水道系统。来自雨水和融化的雪水，街道和人行道上的清洗，以及其他户外活动径流流入街道上的集水槽，从那里进入下水道。在一些纽约城市的社区，来自街道的径流是通过独立的雨水管道直接流向当地的溪流，河流和海湾。在城市的大部分地区，卫生和工业废水，雨水和街道径流收集在同一个下水道，然后一起输送到城市的污水处理厂。这被称为一个组合下水道系统。有时，在大雨和大雪的期间，结合下水道的填充能力，无法对工厂进行联合卫生和污水处理，当这种情况发生时，混合过量的雨水和未经处理的污水直接流入城市的水道。这被称为河流污水溢流方案。大约有70%的城市下水道相结合。

污水处理厂，也被称为水体污染控制设备，它被放到当地的水道前，去除废水中的大部分污染物。在工厂里，物理和化学过程密切复制湿地，河流，溪流和湖泊如何自然净化水质。治理这些工厂是快，只需要用7个小时移除废水中的污染物。在自然环境这一过程中可能需要花费几个星期，自然就无法处理纽约城市产生的废水量。

在城市的污水处理厂，污水处理要经过5个主要过程：预处理，初级处理，二级处理，消毒，最后是污泥处理。在处理废水消毒并排入当地水道之前，初级和二级处理从污水中去除大约85%-95%的污染物。污泥，是治理过程中的副产品，消化稳定，然后进行脱水，以便更容易处理。由此产生的材料，被称为生物固体，然后应用于土地进一步改善植被或处理混合物或肥料。